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FAQ
發(fā)布時間:2024/04/02分類:FAQ來源:科佰生物
Q
1.什么是分子診斷標準品?
A
在分子診斷檢測的各個環(huán)節(jié)的質量控制中,標準品/質控品必不可少。無論NGS、QPCR、數字PCR哪種平臺,都依賴標準品來對檢測結果的準確性、靈敏性進行評價。
標準品作為特征明確(如已知突變位點、突變頻率),精準穩(wěn)定的參照物質,為試劑盒開發(fā)的IVD企業(yè)、分子診斷的自建實驗室LDT、第三方醫(yī)檢所ICL提供保障。同時,臨檢中心對各個檢測中心組織室間質評時也用到標準品。此外,藥企在藥物研發(fā)過程中的伴隨診斷也需要標準品。
Q
2.科佰標準品怎么制作的?臨床樣本和細胞來源的有什么不同,什么優(yōu)勢?
A
依托于科佰生物的上千種細胞樣本庫、基因突變數據庫以及基因編輯技術,開發(fā)了普通腫瘤細胞系來源提取定標的標準品 及AI-Edigene® DNA系列通過基因編輯在基因組對特定目的基因的特定位置通過基因編輯的方式將野生型核酸序列改造為特定突變的編輯細胞系提取定標的標準品。AI-Edigene® RNA系列,通過重組表達的方式將特定突變(一般為融合突變)的cDNA引入陰性細胞系中,使轉入的cDNA在細胞中轉錄為特定突變的RNA
舉例:如提取已編輯過(理論上在一條染色體上編輯,突變頻率AF為50%,兩條染色體都編輯為100%)的EGFR C797S的細胞系的gDNA,接著一代sanger測序驗證突變位點的存在,數字PCR對突變位點的AF進行絕對定量驗證。
細胞系來源的標準品相較臨床樣本而言,具有可再生、批次穩(wěn)定、成本低,可溯源,不存在醫(yī)學倫理爭議等優(yōu)勢;而相較于人工合成的DNA,質粒,PCR產物等因為具有完整的基因組或RNA序列,以及二級結構,另外除了改變目的突變的核苷酸序列,并不增加,減少或改變染色體的整體序列及結構,因此與臨床樣本又具有高度的相似性。
Q
3.科佰分子診斷標準品有哪些?
A
科佰的分子診斷標準品從應用領域上分可分為五大領域:
腫瘤領域:3S3P1O (Mutaion/Fusion/CNV/Methylation/Panel/Pair/Package/Other);
病原微生物:常見細菌、病毒、真菌等,比如HBV、HPV、新冠病毒等;
藥物代謝:葉酸代謝、華法林、他莫西芬、他克莫司等等;
遺傳?。旱刂泻X氀⒍@、SMA等;
藥物研發(fā)領域:慢病毒整合位點標準品、宿主殘留標準品等。
Q
4.標準品有哪些形式?
A
gDNA:細胞系提取的帶有特定突變的全基因組DNA;
RNA:細胞系提取的帶有特定突變的總RNA;
Cell Pellet 細胞培養(yǎng)后離心得到的帶有特定突變的細胞沉淀;
ctDNA:160bp±10%的DNA片段,模擬液體活檢病人樣本;由①gDNA超聲打斷或②酶切處理染色體后提取獲得;可提供純化后的ctDNA片段,也可以將ctDNA 按一定的濃度溶入人工血漿中模擬臨床上未純化的血漿樣本;
FFPE Block:一定數量的特定突變細胞福爾馬林固定,包埋形成石蠟塊;
FFPE Slide:包埋好的石蠟塊切成單片;
其他:滅活菌液、滅活病毒、假病毒、特定基質(如血清、糞便等)。
Q
5. 產品的規(guī)格是什么樣的?
A
Mutaion/Fusion/CNV/甲基化/藥物代謝/地貧/耳聾/SMA等大多gDNA產品規(guī)格為1ug/管,濃度約40ng/ul左右(Qubit定量);
RNA產品規(guī)格為1ug/管,濃度約60ng/ul左右(Nanodrop及qubit定量);
Cell Pellet規(guī)格為細胞數量如1x10e6、5x10e6等;更多詳細信息查看官網和產品目錄,也可咨詢我們的銷售人員。
Q
6.運輸儲存溫度和有效期?
A
Q
7. 產品是不是可以用于申報,有沒有證?怎么溯源,可以提供哪些材料?
A
目前基因檢測標準品尤其是企業(yè)參考品主要用于企業(yè)在申報IVD臨床實驗前的方法學建立及性能驗證,本身并不涉及報證,只要溯源清晰,各項性能驗證符合預期,數據記錄完整真實準確,即可納入申請臨床實驗許可的提交材料中。
標準品(參考品)的溯源不止是指原材料的溯源,而是體現在標準品的整個生產過程中,是一個系統(tǒng)工程,具體涉及的內容包括但不限于原材料的來源,生產過程中的生產工藝步驟(樣品的提取,稀釋,標定等),數據的記錄保存,產品的儲存運輸等各個環(huán)節(jié),科佰依托于ISO9001和13485的質量體系,多標準品生產的各個環(huán)節(jié)均可以提供相應清晰準確真實的溯源材料。
Q
8. 企業(yè)參考品如何設置?舉例說明
A
Q
9. 標準品怎么使用,每次加多少量?(不同應用場景可以舉例說明一下)
A
總體來說標準品的使用量是和應用場景和平臺密切相關的,以NGS為例通常對于大多數NGS檢測來說投入總量在幾十到一兩百ng 核酸,對于定量PCR或數字PCR來說一般投入量在10到數十ng,此外標準品每次的使用量還和檢測目的基因的AF%及拷貝數密切相關,通常當AF%或拷貝數預期較低時,可能需要通過加大投入量來增加檢出機率。